El aceite aguanta más de un año pero si es usado como te dice
Pyro al año hay que cambiarlo, en el carter hay gasolina, agua mezclada con el aceite y esto rompe las propiedades del aceite y sus aditivos a la larga.
Si los has echo mayormente en trayectos cortos aun peor pues se acumula más, el agua por ejemplo parte se evapora por el calor del motor o del propio aceite, combustión, etc pero si son trayectos cortos tiende acumularse más cantidad.
La revisión no es solamente a X kilometros, se hace a X km o 1 año lo que se cumpla antes, pues es necesario esa revisión por uso o por tiempo.
O sea deberías hacerla ahora no dentro de 3.500km
pues es cuando te toca, no a los 10.000km de la moto, y luego pones el cuenta de la revisión a 0 (vamos la próxima no seria a los 10k de la moto si no después de 10k en este caso 16k de km). La revisión de los 10k es poco más que cambio de filtros y aceite (y una revisión general), y eso es lo que necesitas, habla con el taller de que tiene pocos kilometros y que el filtro del aire debe de estar bien, yo creo que no debería cambiártelo, ni siquiera desmontar para verlo con esos kilómetros, pero ellos son los profesionales (depende de donde lo lleves

) así que comentaselo a ver que te dicen.
No coincido con
Pyro en eso de que si no la has metido por tal y cual, ¿os habéis pensado la cantidad de agua que entra con el aire con el uso de la moto? la mayoría se expulsa en forma de vapor por el escape pero siempre cae algo dentro. Más por lógica si vives en un clima con bastante humedad o uno más seco.
También si andas para llevarla al taller o un mínimo no creo que le duela demasiado a la moto, seguro que si dicen un año es que aguanta más, otra cosa es que la utilices normalmente y pases del tema, es algo que tienes que hacer no pasar del nada más.